Da li bi se Windows instalirao na disk zakačen na dodatni kontroler, zavisi od toga da li Windows setup ima drajver za taj kontroler (ako nije neka egzotika, najverovatnije ima; ako nema, moraćeš da guraš diskete sa drajverima da bi ga prepoznao, ili da modifikuješ setup i integrišeš potrebne drajvere).
Da li bi se Windows butovao sa diska zakačenog na dodatni kontroler, zavisi od "BIOS-a" te kartice, moraš proveriti u uputstvu za nju.
Bear in mind, iliti medved u umu, da mnoge ploče imaju dodatni SATA kontroler (u smislu, još jedan pored onog u čipsetu) i da se Windows normalno butuje i diže sa diskova zakačenih na taj kontroler, pa ako ova kartica ima nešto takvo (ASMedia, Marvell itd), 99% će da radi bez dodatnih zajebancija.