Pa, možeš da ručno po instalaciji promeniš lokaciju za Program Files iliti mesto gde se sve instalira. Ako instaliraš 64bit verziju, imaš dva Program Files foldera. E sad, možeš to da uradiš kroz regedit ( http://bit.ly/1cTaLvd ) ili možda pametnije, da prosto napraviš symbolic link, da ti stoji na sistemskoj particiji kao šortkat koji u stvari vodi na mesto koje ti odrediš ( http://bit.ly/1cTbaO1 ).
Inače, taj deo oko Users i slično, nisam siguran šta tačno misliš ali se preporučuje da default My Documents od juzera bude na sistemskoj particiji jer neki programi i neke igre po instalaciji krešuju ili ne rade kako treba ili ne rade uopšte ako se My documents i još neki user folderi ne nalaze na default lokaciji. To sve isto možeš da zaobiđeš putem symbolic linka.
Mada nisam siguran što bi uopšte to radio ako već odradiš standardnu optimizaciju SSD, nećeš nešto mnogo spasiti disk. Bolje gledaj da isprebacuješ keš foldere što više za razne programe van SSD-a.